No sé si estaría entendiendo el problema, pero tampoco sé si está descripta completa la situación.
Sí frente a una sentencia de primera instancia denegatoria del reajuste, ambas partes apelan, y una apeló por error/automaticismo, la declaración de deserción debería ser en relación a la apelación por la falta de crítica al expresar agravios (si no hay agravios que expresar porque se apela como demandada una sentencia que rechaza la demanda, ponele que esto es lógica consecuencia de aquello), o por no expresar agravios.
Salvo que me digas, que el tribunal te declaró deserción de ambas apelaciones también por error, tendría que proseguir con lo dispuesto en el 259 para la otra parte apelante, dandole oportunidad suficiente de expresar agravios.
Si fuese así, reposición?