Hola Vainilla, te cuento como lo solucioné yo...
Fui a la UDAI a hacer la ADP y les expliqué el problema. Me hicieron ADP del Cuil en uso y me mandaron a Afip para unificar los CUIL (los aportes estaban en el CUIL anterior).
En AFIP con el formulario 581, los unifican, además tuve que presentar el 460F porque tiene que haber coincidencia en todo y estaba mal escrito el apellido en uno de los dos CUIL.
Esperé las 48 horas que me dijeron y todo unificado. Espero te sirva la respuesta.
Saludos